Središnja medicinska knjižnica djeluje u matičnim prostorima Fakulteta te na dvije područne lokacije.
Njezin središnji dio (Šalata 3) sačinjavaju:
- studentski odjel s fondom udžbenika i priručnika te studentskom čitaonicom,
- zbirka domaćih i inozemnih časopisa koji pokrivaju područja pretkliničkih i kliničkih znanosti,
- referentna zbirka koja uključuje najvažnije biomedicinske sekundarne i tercijarne publikacije,
- zbirka monografskih publikacija,
- zbirka doktorskih i magistarskih radova obranjenih na Medicinskom fakultetu u Zagrebu.
Medicinska knjižnica Rebro (Kišpatićeva 12) korisnicima nudi čitaonicu opremljenu računalima, udžbenike za predmete kliničke orijentacije, te zbirku inozemnih časopisa i monografskih publikacija kliničkih disciplina.
Knjižnica Klinike za ženske bolesti i porode (Petrova 13) obuhvaća časopise i knjige koje su najvećim dijelom vezani uz područje ginekologije i porodništva.
Poslovanje Knjižnice definirano je Pravilnikom o radu.